Gedurende de laatste decennia van de zestiende eeuw verdwenen in de Nederlanden de meeste toen bestaande institutionele bibliotheken: die van kloosters en andere kerkelijke instellingen. In dezelfde tijd ontstonden de eerste stadsbibliotheken in bijvoorbeeld Amsterdam (1578), Utrecht (1581), Gouda (1590), Haarlem (1596) en Deventer (1597). Andere steden volgden. Veelal waren de collecties gevormd uit opgeheven plaatselijke kloosterbibliotheken. Enkele stads- en kerkbibliotheken (het verschil is vaak moeilijk aan te geven) waren al ontstaan voor de invoering van de Reformatie, en dankten hun oorsprong veeleer aan de geest van de vroegzestiende-eeuwse Latijnse School met haar mengeling van roomse vroomheid en erasmiaans humanisme dan aan de Hervorming. Het bekendste voorbeeld is de Zutphense Librije: gesticht in 1562, en nog altijd te vinden in haar oorspronkelijke huisvesting, heeft zij nog veel van de oorspronkelijke inrichting behouden. Vergelijkbare nog bewaarde kerkbibliotheken zijn die van Edam (1575; boeken nu in bruikleen bij de Koninklijke Bibliotheek in Den Haag) en Enkhuizen (1590). De oudere 'librijes' en de jongere stadsbibliotheken deelden in de volgende eeuwen dezelfde lotgevallen: voorspoed onder het bewind van een bibliofiele predikant, rector of burgemeester wisselde af met schromelijke verwaarlozing. In de betere tijden werden catalogi gepubliceerd; het oudste voorbeeld is de catalogus van de stadsbibliotheek van Utrecht (1608). Amsterdam, Haarlem, Enkhuizen en andere steden volgden later in de zeventiende eeuw.

In 1575 kreeg Leiden de eerste universiteit van de nog jonge Republiek. Daarna volgden Franeker (1585), Groningen (1614), Utrecht (1636) en Harderwijk (1648). Al deze universiteiten hadden vanaf hun begin bibliotheken, behalve Utrecht waar de bestaande stadsbibliotheek voor dat doel werd gebruikt (die pas in 1816 formeel de status van universiteitsbibliotheek kreeg). De meeste van deze universiteitsbibliotheken lieten van tijd tot tijd hun catalogus drukken. De Leidse van 1595 is tevens de oudste gepubliceerde catalogus ter wereld van een institutionele bibliotheek.

Al deze bibliotheken waren klein van omvang en beperkt van onderwerpskeuze, niet alleen naar moderne maatstaven gemeten, maar ook in vergelijking met menige toenmalige privé-bibliotheek. Dat zou in de volgende eeuw niet veel veranderen. Mede daardoor waren ze van slechts ondergeschikt belang voor geletterden en geleerden.

In 1653 liet de jong gestorven jurist Johannes Thysius zijn omvangrijke bibliotheek na 'tot publiek nut'. Het legaat omvatte tevens gelden voor het bouwen van een passende behuizing en voor uitbreiding van de collectie. Aan het Rapenburg werd in 1655 een fraai bibliotheekgebouw geopend in Hollands-classicistische stijl, maar omdat er van de uitbreiding met nieuwe boeken niet veel terechtkwam, is de Bibliotheca Thysiana nog altijd een uniek voorbeeld van een zeventiende-eeuwse geleerdenbibliotheek.

Het Nederlandse bibliotheeklandschap van kleine en vaak verwaarloosde universiteits- en stadsbibliotheken in de schaduw van grote en rijke privé-collecties, dat bovendien geen nationale bibliotheek kende zoals bijvoorbeeld de Bibliothèque du Roi in Frankrijk, zou pas in de tweede helft van de achttiende eeuw worden verrijkt door het ontstaan van de commerciële uitleenbibliotheek en van leesgezelschappen en 'maatschappijen' met een sociaal of cultureel doel.